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Au XIVe siècle, l’abbaye est fortifiée puis un studium (collège) est installé vers 1363 par le pape d’Avignon Urbain V. En 1537, par une bulle du pape Paul III, Psalmody se sécularise en collège de chanoines installé dans Aigues-Mortes. Les religieux abandonnent leur monastère ; St-Roman est vendue en 1568 à François de Conseil qui achève de fortifier le prieuré et remplace certaines constructions monastiques de la terrasse par un petit château.
C’est au cours de cette période « laïque » que se place l’épisode militaire de l’histoire de ce monastère devenu seigneurie : la colline fortifiée est prise en 1574 par les calvinistes ; entre 1575 et 1578, le diocèse civil de Nîmes y entretient une garnison d’environ dix hommes.
Transmis dans plusieurs familles de la région, le château de Saint-Roman finit par être démantelé dans la première moitié du XIXe siècle par un de ses derniers propriétaires qui en vend toutes les pierres. La colline est transformée en jardin romantique par Henri de Chasse-Tellier qui plante des pins maritimes et des arbres de Judée. Le site est racheté en 1925 par la Société des Ciments Français pour l’exploitation des carrières de calcaire. Le 1er juin 1935, l’ensemble des vestiges situés sur la colline est Inscrit à l’Inventaire Supplémentaire des Monuments Historiques.
Après une longue période d’abandon, la Société d’Histoire et d’Archéologie de Beaucaire entreprend, à partir des années 60, le déblaiement du site. La commune de Beaucaire devenue propriétaire en 1989 obtient son classement Monument historique en 1991, avant d’entamer des travaux de consolidation et de mise en sécurité.
Dans la perspective d’un programme global de restauration et de valorisation du site de l’abbaye troglodytique, la CCBTA, gestionnaire, projette de mettre en place un Programme collectif de recherche (PCR). C’est une véritable enquête archéologique, architecturale et historique, que mèneront les experts mandatés.
